对于计划赴日攻读博士学位的学子来说，费用是他们着重考虑因素。日本读博的年度开销主要由学费和生活费两部分构成，因院校性质、专业类别和所在地区不同，差异较为明显。
私立大学学费则高出不少，且专业差异显著。文科专业每年约 70 万至 122 万日元，折合人民币 3.5 万至 6 万元；理科和医学类专业更高，可达 90 万至 300 万日元，约合人民币 4.5 万至 15 万元。例如庆应义塾大学医学研究科，一年学费就达 6.15 万元人民币。不过私立大学第一年后无需缴纳入学金，后续费用会降低 30% 左右。
生活费的高低主要取决于地区。东京等大城市每月需 12 万至 15 万日元，折合人民币 5700 至 7300 元，其中房租占比最高，市中心单人公寓月租可达 3700 元以上。而京都、冈山等地方城市，生活费能低 30%，每月约 8 万至 9 万日元，全年仅需 5 万至 6 万元人民币。日常饮食若选择自己做饭，每月还能再省 10% 左右。
其实费用压力可通过奖学金缓解。文部科学省奖学金每月能提供 7000 至 9400 元人民币，基本覆盖全部开支；即便担任研究助理，每月也能获得 3800 至 5600 元补贴。
综合来看，国公立大学读博一年总费用约 10 万至 15 万元，私立大学则需 15 万至 20 万元。提前规划院校和申请补贴，可以有效降低经济负担。
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